Sous Direction de l'Aquaculture
L'aquaculture regroupe la conchyliculture (ostréiculture, mytiliculture...) et la pisciculture (marine et continentale). La France est le premier pays producteur conchylicole, et particulièrement ostréicole, de l'Union Européenne.

Bureau de la pisciculture (BP)
La pisciculture continentale et marine représente 2 500 emplois et une production de 65 000 tonnes pour un chiffre d'affaire de 1,5 milliard de francs.
La direction des Pêches Maritimes et de l'Aquaculture élabore et met en oeuvre la politique sectorielle relative à la pisciculture et à la pêche professionnelle continentale en particulier dans le cadre de la politique commune de la pêche et de l'aquaculture. Elle participe à la politique d'utilisation et de valorisation des milieux aquatiques et des zones humides.
Elle détermine la politique d'aide à l'investissement et au financement des entreprises de ce secteur, en accord avec l'I.F.O.P.
La direction de pêches maritimes et de l'aquaculture coordonne également le suivi du secteur piscicole par les délégués régionaux à l'aquaculture et assure le suivi des organisations Interprofessionnelles.

Bureau de la conchyliculture (BC)

La conchyliculture compte près de 18 500 emplois directs. La production s'est élevée en 1998 à 150 000 tonnes pour une valeur de 2 milliards de francs.
Sur le plan administratif, la direction des pêches maritimes et de l'aquaculture élabore la réglementation  relative à l'occupation du domaine public maritime affecté aux cultures marines. Elle participe, dans le cadre des directives européennes, avec la direction générale de l'alimentation, à l'élaboration de la réglementation relative à la protection de la santé des consommateurs de coquillages.
La direction des pêches maritimes et de l'aquaculture a également en charge la réglementation relative à la protection de la santé animale des mollusques et des crustacés marins.
Les cultures maritimes, en outre, sont dépendantes d'un milieu fragile et extrêmement sensible aux pollutions, aussi la direction des pêches maritimes et de l'aquaculture suit-elle les questions relatives à la qualité des eaux.
Sur le plan économique, elle assure la gestion des aides communautaires aux entreprises de cultures marines pour leur création et leur modernisation dans le cadre de l'IFOP et les instruments financiers d'orientation de la pêches (fonds européens).

Sous direction des pêches maritimes

Bureau des produits de la mer (BPM)
En matière de marché, la production des pêches maritimes et de l'aquaculture met en oeuvre, dans le cadre de la politique européenne d'organisation commune des marchés, la réglementation relative à la première commercialisation des produits de la mer qui doit répondre à diverses exigences sanitaires.
Dans ce cadre, elle contribue au développement de la valorisation des produits de la mer par une politique de qualité et participe ainsi à l'élaboration de la réglementation relative au contrôle sanitaire et qualitatif des produits de la mer.
Elle à également pour mission d'aider à la structuration de la filière de mise en marché afin de mieux ajuster l'offre et la demande, en incitant à la mise en place d'équipements portuaires plus modernes et d'investissements à terre rationalisés et plus performants.